Protein–RNA interactions for Protein: O43365

HOXA3, Homeobox protein Hox-A3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 443 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA3O43365 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC17.43■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC17.43■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC17.43■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC17.42■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
HOXA3O43365 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA3O43365 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.9 ms