Protein–RNA interactions for Protein: Q969F9

HPS3, Hermansky-Pudlak syndrome 3 protein, humanhuman

Predictions only

Length 1,004 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HPS3Q969F9 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
HPS3Q969F9 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
HPS3Q969F9 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
HPS3Q969F9 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
HPS3Q969F9 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HPS3Q969F9 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
HPS3Q969F9 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
HPS3Q969F9 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
HPS3Q969F9 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
HPS3Q969F9 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
HPS3Q969F9 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HPS3Q969F9 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HPS3Q969F9 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HPS3Q969F9 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
HPS3Q969F9 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
HPS3Q969F9 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HPS3Q969F9 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
HPS3Q969F9 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
HPS3Q969F9 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
HPS3Q969F9 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HPS3Q969F9 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
HPS3Q969F9 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
HPS3Q969F9 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
HPS3Q969F9 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
HPS3Q969F9 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
HPS3Q969F9 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
HPS3Q969F9 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
HPS3Q969F9 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
HPS3Q969F9 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
HPS3Q969F9 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
HPS3Q969F9 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC24.15■■□□□ 1.46
HPS3Q969F9 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
HPS3Q969F9 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
HPS3Q969F9 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC24.14■■□□□ 1.46
HPS3Q969F9 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
HPS3Q969F9 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
HPS3Q969F9 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
HPS3Q969F9 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
HPS3Q969F9 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.9 ms