Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC112Q8NEF3 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 ZMAT3-203ENST00000432729 2944 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC112Q8NEF3 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.2 ms