Protein–RNA interactions for Protein: P48066

SLC6A11, Sodium- and chloride-dependent GABA transporter 3, humanhuman

Predictions only

Length 632 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SLC6A11P48066 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.15
SLC6A11P48066 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SLC6A11P48066 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.6 ms