Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
BRPF3Q9ULD4 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
BRPF3Q9ULD4 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
BRPF3Q9ULD4 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
BRPF3Q9ULD4 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
BRPF3Q9ULD4 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
BRPF3Q9ULD4 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
BRPF3Q9ULD4 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
BRPF3Q9ULD4 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
BRPF3Q9ULD4 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
BRPF3Q9ULD4 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC26.34■■□□□ 1.81
BRPF3Q9ULD4 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
BRPF3Q9ULD4 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
BRPF3Q9ULD4 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
BRPF3Q9ULD4 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC26.34■■□□□ 1.81
BRPF3Q9ULD4 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
BRPF3Q9ULD4 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
BRPF3Q9ULD4 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
BRPF3Q9ULD4 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
BRPF3Q9ULD4 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
BRPF3Q9ULD4 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
BRPF3Q9ULD4 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
BRPF3Q9ULD4 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
BRPF3Q9ULD4 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
BRPF3Q9ULD4 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
BRPF3Q9ULD4 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
BRPF3Q9ULD4 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC26.32■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC26.32■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC26.32■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC26.31■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC26.3■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC26.29■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC26.29■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC26.27■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
BRPF3Q9ULD4 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
BRPF3Q9ULD4 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
BRPF3Q9ULD4 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
BRPF3Q9ULD4 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
BRPF3Q9ULD4 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
BRPF3Q9ULD4 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
BRPF3Q9ULD4 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
BRPF3Q9ULD4 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
BRPF3Q9ULD4 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
BRPF3Q9ULD4 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
BRPF3Q9ULD4 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
BRPF3Q9ULD4 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
BRPF3Q9ULD4 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
BRPF3Q9ULD4 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.1 ms