Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SHHQ15465 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SHHQ15465 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SHHQ15465 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SHHQ15465 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
SHHQ15465 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
SHHQ15465 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SHHQ15465 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
SHHQ15465 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SHHQ15465 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SHHQ15465 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SHHQ15465 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SHHQ15465 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SHHQ15465 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SHHQ15465 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
SHHQ15465 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SHHQ15465 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SHHQ15465 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SHHQ15465 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SHHQ15465 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SHHQ15465 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
SHHQ15465 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SHHQ15465 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SHHQ15465 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
SHHQ15465 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SHHQ15465 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
SHHQ15465 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SHHQ15465 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SHHQ15465 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SHHQ15465 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SHHQ15465 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
SHHQ15465 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SHHQ15465 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SHHQ15465 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SHHQ15465 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SHHQ15465 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SHHQ15465 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SHHQ15465 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SHHQ15465 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SHHQ15465 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SHHQ15465 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SHHQ15465 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SHHQ15465 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SHHQ15465 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SHHQ15465 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SHHQ15465 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SHHQ15465 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SHHQ15465 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SHHQ15465 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SHHQ15465 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SHHQ15465 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SHHQ15465 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SHHQ15465 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SHHQ15465 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SHHQ15465 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
SHHQ15465 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.39
SHHQ15465 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
SHHQ15465 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SHHQ15465 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SHHQ15465 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SHHQ15465 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SHHQ15465 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SHHQ15465 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
SHHQ15465 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SHHQ15465 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SHHQ15465 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SHHQ15465 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SHHQ15465 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SHHQ15465 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SHHQ15465 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SHHQ15465 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SHHQ15465 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SHHQ15465 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SHHQ15465 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
SHHQ15465 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SHHQ15465 AC142381.4-202ENST00000563973 229 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
SHHQ15465 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SHHQ15465 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SHHQ15465 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SHHQ15465 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SHHQ15465 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
SHHQ15465 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SHHQ15465 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SHHQ15465 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SHHQ15465 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SHHQ15465 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SHHQ15465 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SHHQ15465 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
SHHQ15465 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SHHQ15465 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SHHQ15465 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SHHQ15465 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SHHQ15465 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SHHQ15465 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SHHQ15465 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SHHQ15465 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SHHQ15465 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SHHQ15465 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SHHQ15465 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SHHQ15465 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
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