Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC19.96■□□□□ 0.79
MSX1P28360 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC19.96■□□□□ 0.79
MSX1P28360 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC19.96■□□□□ 0.79
MSX1P28360 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
MSX1P28360 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
MSX1P28360 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
MSX1P28360 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
MSX1P28360 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
MSX1P28360 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.79
MSX1P28360 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
MSX1P28360 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
MSX1P28360 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
MSX1P28360 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
MSX1P28360 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
MSX1P28360 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
MSX1P28360 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
MSX1P28360 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
MSX1P28360 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
MSX1P28360 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
MSX1P28360 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
MSX1P28360 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC19.94■□□□□ 0.78
MSX1P28360 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
MSX1P28360 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
MSX1P28360 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
MSX1P28360 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
MSX1P28360 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
MSX1P28360 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
MSX1P28360 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
MSX1P28360 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
MSX1P28360 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
MSX1P28360 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
MSX1P28360 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
MSX1P28360 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
MSX1P28360 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
MSX1P28360 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
MSX1P28360 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
MSX1P28360 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
MSX1P28360 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
MSX1P28360 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
MSX1P28360 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
MSX1P28360 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
MSX1P28360 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
MSX1P28360 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC19.93■□□□□ 0.78
MSX1P28360 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
MSX1P28360 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC19.93■□□□□ 0.78
MSX1P28360 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
MSX1P28360 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
MSX1P28360 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
MSX1P28360 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
MSX1P28360 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
MSX1P28360 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
MSX1P28360 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
MSX1P28360 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC19.92■□□□□ 0.78
MSX1P28360 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
MSX1P28360 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
MSX1P28360 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC19.91■□□□□ 0.78
MSX1P28360 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
MSX1P28360 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
MSX1P28360 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
MSX1P28360 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
MSX1P28360 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC19.91■□□□□ 0.78
MSX1P28360 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC19.91■□□□□ 0.78
MSX1P28360 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC19.91■□□□□ 0.78
MSX1P28360 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC19.91■□□□□ 0.78
MSX1P28360 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
MSX1P28360 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
MSX1P28360 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
MSX1P28360 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
MSX1P28360 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
MSX1P28360 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
MSX1P28360 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
MSX1P28360 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
MSX1P28360 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
MSX1P28360 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
MSX1P28360 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
MSX1P28360 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
MSX1P28360 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
MSX1P28360 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
MSX1P28360 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
MSX1P28360 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
MSX1P28360 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
MSX1P28360 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
MSX1P28360 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
MSX1P28360 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
MSX1P28360 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
MSX1P28360 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
MSX1P28360 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
MSX1P28360 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
MSX1P28360 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
MSX1P28360 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
MSX1P28360 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
MSX1P28360 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
MSX1P28360 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
MSX1P28360 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
MSX1P28360 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
MSX1P28360 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
MSX1P28360 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
MSX1P28360 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC19.89■□□□□ 0.77
MSX1P28360 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
MSX1P28360 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC19.89■□□□□ 0.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.7 ms