Protein–RNA interactions for Protein: Q9H9Y2

RPF1, Ribosome production factor 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 349 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPF1Q9H9Y2 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC23.75■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC23.74■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC23.74■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC23.71■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
RPF1Q9H9Y2 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC23.69■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
RPF1Q9H9Y2 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.5 ms