Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.63
SMARCA1P28370 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.4 ms