Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC29.53■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.52■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.52■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC29.51■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC29.51■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC29.5■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC29.5■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.5■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC29.5■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC29.47■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC29.47■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC29.47■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC29.45■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC29.45■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC29.45■■■□□ 2.31
CCDC9Q9Y3X0 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC29.44■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC29.44■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC29.44■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC29.43■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC29.43■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC29.43■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC29.42■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.3 ms