Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.5 ms