Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SMARCAL1Q9NZC9 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
SMARCAL1Q9NZC9 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SMARCAL1Q9NZC9 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SMARCAL1Q9NZC9 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SMARCAL1Q9NZC9 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SMARCAL1Q9NZC9 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SMARCAL1Q9NZC9 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SMARCAL1Q9NZC9 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SMARCAL1Q9NZC9 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SMARCAL1Q9NZC9 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SMARCAL1Q9NZC9 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SMARCAL1Q9NZC9 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SMARCAL1Q9NZC9 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SMARCAL1Q9NZC9 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SMARCAL1Q9NZC9 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SMARCAL1Q9NZC9 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SMARCAL1Q9NZC9 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SMARCAL1Q9NZC9 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SMARCAL1Q9NZC9 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SMARCAL1Q9NZC9 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SMARCAL1Q9NZC9 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SMARCAL1Q9NZC9 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.8 ms