Protein–RNA interactions for Protein: Q53F19

NCBP3, Nuclear cap-binding protein subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 620 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NCBP3Q53F19 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC28.83■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.81■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC28.81■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC28.81■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC28.81■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC28.79■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 LINC00511-205ENST00000578206 908 ntTSL 3 BASIC28.79■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC28.77■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
NCBP3Q53F19 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC28.76■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.76■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC28.75■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC28.75■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC28.74■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC28.73■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
NCBP3Q53F19 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.9 ms