Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC23.7■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC23.7■■□□□ 1.39
COL4A4P53420 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.7 ms