Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.31
USP3Q9Y6I4 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
USP3Q9Y6I4 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.7 ms