Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.88■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC20.86■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC20.86■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.86■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.84■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC20.83■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC20.83■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC20.83■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
ATG4BQ9Y4P1 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
ATG4BQ9Y4P1 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
ATG4BQ9Y4P1 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC20.82■□□□□ 0.92
ATG4BQ9Y4P1 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
ATG4BQ9Y4P1 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
ATG4BQ9Y4P1 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
ATG4BQ9Y4P1 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
ATG4BQ9Y4P1 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
ATG4BQ9Y4P1 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
ATG4BQ9Y4P1 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
ATG4BQ9Y4P1 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
ATG4BQ9Y4P1 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
ATG4BQ9Y4P1 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
ATG4BQ9Y4P1 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
ATG4BQ9Y4P1 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
ATG4BQ9Y4P1 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
ATG4BQ9Y4P1 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
ATG4BQ9Y4P1 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
ATG4BQ9Y4P1 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
ATG4BQ9Y4P1 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
ATG4BQ9Y4P1 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.8 ms