Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
VPS54Q9P1Q0 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC25.39■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS54Q9P1Q0 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.8 ms