Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC24.15■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC24.13■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
PCIF1Q9H4Z3 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC24.07■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC24.07■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45 ms