Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC25.81■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC25.79■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC25.79■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC25.77■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
NUP88Q99567 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
NUP88Q99567 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
NUP88Q99567 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
NUP88Q99567 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
NUP88Q99567 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
NUP88Q99567 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
NUP88Q99567 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
NUP88Q99567 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
NUP88Q99567 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
NUP88Q99567 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
NUP88Q99567 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
NUP88Q99567 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC25.75■■□□□ 1.71
NUP88Q99567 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
NUP88Q99567 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
NUP88Q99567 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
NUP88Q99567 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
NUP88Q99567 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
NUP88Q99567 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
NUP88Q99567 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
NUP88Q99567 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
NUP88Q99567 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
NUP88Q99567 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
NUP88Q99567 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
NUP88Q99567 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
NUP88Q99567 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
NUP88Q99567 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
NUP88Q99567 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
NUP88Q99567 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
NUP88Q99567 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
NUP88Q99567 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
NUP88Q99567 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
NUP88Q99567 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
NUP88Q99567 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
NUP88Q99567 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
NUP88Q99567 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
NUP88Q99567 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
NUP88Q99567 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
NUP88Q99567 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
NUP88Q99567 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.4 ms