Protein–RNA interactions for Protein: Q70CQ1

USP49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, humanhuman

Predictions only

Length 688 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP49Q70CQ1 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP49Q70CQ1 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC24.89■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.2 ms