Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A3Q01955 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL4A3Q01955 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.7 ms