Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC18.68■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC18.68■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC18.68■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC18.68■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC18.68■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC18.68■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC18.68■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC18.67■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.65■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC18.65■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC18.65■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.65■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC18.65■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC18.65■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.65■□□□□ 0.58
HOXA4Q00056 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
HOXA4Q00056 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC18.64■□□□□ 0.57
HOXA4Q00056 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC18.64■□□□□ 0.57
HOXA4Q00056 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.57
HOXA4Q00056 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
HOXA4Q00056 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
HOXA4Q00056 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC18.64■□□□□ 0.57
HOXA4Q00056 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.57
HOXA4Q00056 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC18.64■□□□□ 0.57
HOXA4Q00056 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
HOXA4Q00056 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
HOXA4Q00056 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.63■□□□□ 0.57
HOXA4Q00056 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
HOXA4Q00056 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
HOXA4Q00056 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
HOXA4Q00056 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
HOXA4Q00056 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC18.63■□□□□ 0.57
HOXA4Q00056 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
HOXA4Q00056 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
HOXA4Q00056 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
HOXA4Q00056 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
HOXA4Q00056 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
HOXA4Q00056 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
HOXA4Q00056 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
HOXA4Q00056 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
HOXA4Q00056 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
HOXA4Q00056 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
HOXA4Q00056 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
HOXA4Q00056 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
HOXA4Q00056 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC18.62■□□□□ 0.57
HOXA4Q00056 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.2 ms