Protein–RNA interactions for Protein: Q9C037

TRIM4, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM4, humanhuman

Predictions only

Length 500 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM4Q9C037 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
TRIM4Q9C037 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
TRIM4Q9C037 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
TRIM4Q9C037 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
TRIM4Q9C037 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
TRIM4Q9C037 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
TRIM4Q9C037 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
TRIM4Q9C037 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
TRIM4Q9C037 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM4Q9C037 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM4Q9C037 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM4Q9C037 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM4Q9C037 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM4Q9C037 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM4Q9C037 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM4Q9C037 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM4Q9C037 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM4Q9C037 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM4Q9C037 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM4Q9C037 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM4Q9C037 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM4Q9C037 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM4Q9C037 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM4Q9C037 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM4Q9C037 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM4Q9C037 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
TRIM4Q9C037 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
TRIM4Q9C037 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
TRIM4Q9C037 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
TRIM4Q9C037 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
TRIM4Q9C037 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
TRIM4Q9C037 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
TRIM4Q9C037 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
TRIM4Q9C037 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
TRIM4Q9C037 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
TRIM4Q9C037 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.5 ms