Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
USP53Q70EK8 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.6 ms