Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 REPIN1-217ENST00000518514 478 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL6A3P12111 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL6A3P12111 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.1 ms