Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 SCYL1-205ENST00000524944 2715 ntTSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 ZDHHC6-202ENST00000369405 2170 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 MSRA-202ENST00000382490 1460 ntTSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 RUNX1-207ENST00000437180 5967 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.7■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 LINC01801-202ENST00000590963 2077 ntTSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 DNAJB6-201ENST00000262177 2527 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 FAM95B1-211ENST00000592053 1541 ntTSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 AL669942.1-203ENST00000610972 1541 ntTSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 CCT6B-201ENST00000314144 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 TP73-207ENST00000378290 1831 ntTSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 ZNF365-205ENST00000395254 4173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 DMBX1-201ENST00000360032 2880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 GPR132-202ENST00000392585 2887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 RGMA-203ENST00000542321 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 UBFD1-201ENST00000395878 5110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 GPR119-201ENST00000276218 1008 ntAPPRIS P1 BASIC19.69■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 ALOX15P2-201ENST00000340858 1897 ntBASIC19.69■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 GGPS1-203ENST00000391855 1407 ntTSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 ZNF662-202ENST00000422021 436 ntTSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 CIDEC-204ENST00000430427 877 ntTSL 3 BASIC19.69■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 RN7SL479P-201ENST00000472003 300 ntBASIC19.69■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 RPL10P8-201ENST00000522888 313 ntBASIC19.69■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 IGLVI-63-201ENST00000524184 384 ntBASIC19.69■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 RBFOX1-214ENST00000552089 1430 ntTSL 5 BASIC19.69■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 SALL1-204ENST00000566102 565 ntTSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 SDHD-214ENST00000614349 516 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.69■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 MIF4GD-214ENST00000618645 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 SPAST-202ENST00000345662 5116 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 NCF2-201ENST00000367535 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 OR10N1P-203ENST00000641736 1305 ntBASIC19.69■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 KCNN2-206ENST00000512097 3076 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.69■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 VWA3B-221ENST00000614454 1542 ntTSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 YY1-201ENST00000262238 6697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 ZCWPW1-208ENST00000490721 2031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 ABCG1-201ENST00000343687 3037 ntTSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 BX255923.2-202ENST00000620833 2874 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 PLCB1-218ENST00000629992 3095 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 SQSTM1-201ENST00000360718 2253 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 RBM10-206ENST00000628161 3105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 PSKH1-201ENST00000291041 3481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 SPTLC1P3-201ENST00000403408 259 ntBASIC19.68■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 FAM138A-201ENST00000417324 1187 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 AL078621.2-201ENST00000419351 698 ntBASIC19.68■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 HNRNPA1P73-201ENST00000446472 928 ntBASIC19.68■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 CDHR4-205ENST00000487256 1017 ntTSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 RN7SL2-201ENST00000490232 300 ntBASIC19.68■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 FAM138D-201ENST00000504074 1187 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 FAM138E-201ENST00000507796 1187 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 TBCE-207ENST00000543662 2117 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 TSHZ3-202ENST00000558569 441 ntTSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 AC027682.3-201ENST00000564717 207 ntTSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 RN7SL4P-201ENST00000584058 295 ntBASIC19.68■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 NAALADL1-204ENST00000358658 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 CRCP-203ENST00000395326 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 PTPN6-202ENST00000399448 2159 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 TARS2-214ENST00000606933 2162 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 CLOCK-211ENST00000513440 3580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 AC116903.2-201ENST00000561674 1304 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 VAV1-202ENST00000539284 2627 ntTSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 NOX5-203ENST00000448182 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 FHOD3-207ENST00000591635 3035 ntTSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 AC034238.1-214ENST00000609699 1590 ntTSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 SIN3A-203ENST00000394949 4930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 TUBGCP2-203ENST00000368563 4218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 RGMA-204ENST00000543599 3174 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 ICA1-207ENST00000406470 2440 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 IFNAR2-201ENST00000342101 2606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 CENPO-202ENST00000380834 4386 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 ATG3-202ENST00000402314 3010 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 CTLA4-201ENST00000295854 525 ntTSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 TSPEAR-AS2-201ENST00000330490 823 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 FAM25A-201ENST00000343959 345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 KLK8-203ENST00000347619 555 ntTSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 RPSAP61-201ENST00000412542 878 ntBASIC19.67■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 FTLP16-201ENST00000446400 513 ntBASIC19.67■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 SOX2-OT-203ENST00000466034 926 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 JPT1-205ENST00000470924 663 ntTSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 VAMP2-203ENST00000481878 557 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 AP001360.1-203ENST00000524708 464 ntTSL 3 BASIC19.67■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 AP005264.6-203ENST00000586882 1050 ntTSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 SOX2-OT-221ENST00000594942 675 ntTSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 ZNF268-219ENST00000611984 583 ntTSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 MIR6165-201ENST00000614803 84 ntBASIC19.67■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 AC005609.1-201ENST00000625195 617 ntTSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 PAX6-238ENST00000638755 1161 ntTSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 XBP1-204ENST00000405219 1690 ntTSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 KDM8-212ENST00000568965 1655 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 RGS3-205ENST00000374134 2862 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 TP53I11-201ENST00000308212 3683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 ARHGAP23P1-201ENST00000562773 1937 ntBASIC19.67■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 C3orf56-201ENST00000624688 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 PKMP1-201ENST00000455804 1523 ntBASIC19.67■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 AHCY-205ENST00000538132 2366 ntTSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 SNX27-203ENST00000368843 7197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 SKIDA1-202ENST00000449193 6598 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC19.67■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 SLC17A5-201ENST00000355773 3455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 PDE3B-201ENST00000282096 6076 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 CGN-201ENST00000271636 5091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 SCHIP1-201ENST00000445224 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
TCOF1Q13428 ATE1-203ENST00000369043 4900 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
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