Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.68■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC20.68■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC20.68■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC20.67■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC20.67■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.67■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC20.67■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.67■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC20.66■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC20.66■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC20.66■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC20.66■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC20.66■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC20.66■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.66■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC20.65■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC20.65■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.65■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC20.65■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC20.65■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
KLHL28Q9NXS3 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.89
KLHL28Q9NXS3 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
KLHL28Q9NXS3 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
KLHL28Q9NXS3 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
KLHL28Q9NXS3 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
KLHL28Q9NXS3 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC20.64■□□□□ 0.89
KLHL28Q9NXS3 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC20.64■□□□□ 0.89
KLHL28Q9NXS3 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
KLHL28Q9NXS3 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
KLHL28Q9NXS3 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
KLHL28Q9NXS3 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
KLHL28Q9NXS3 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
KLHL28Q9NXS3 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
KLHL28Q9NXS3 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC20.63■□□□□ 0.89
KLHL28Q9NXS3 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
KLHL28Q9NXS3 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
KLHL28Q9NXS3 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
KLHL28Q9NXS3 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
KLHL28Q9NXS3 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
KLHL28Q9NXS3 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
KLHL28Q9NXS3 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
KLHL28Q9NXS3 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
KLHL28Q9NXS3 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
KLHL28Q9NXS3 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
KLHL28Q9NXS3 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
KLHL28Q9NXS3 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
KLHL28Q9NXS3 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
KLHL28Q9NXS3 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
KLHL28Q9NXS3 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
KLHL28Q9NXS3 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
KLHL28Q9NXS3 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
KLHL28Q9NXS3 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
KLHL28Q9NXS3 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
KLHL28Q9NXS3 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
KLHL28Q9NXS3 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
KLHL28Q9NXS3 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
KLHL28Q9NXS3 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.1 ms