Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0I3

CCDC113, Coiled-coil domain-containing protein 113, humanhuman

Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC113Q9H0I3 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC113Q9H0I3 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.1 ms