Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.43
CCDC42Q96M95 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC23.89■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
CCDC42Q96M95 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.8 ms