Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC26.11■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
SYNE3Q6ZMZ3 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SYNE3Q6ZMZ3 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
SYNE3Q6ZMZ3 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
SYNE3Q6ZMZ3 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
SYNE3Q6ZMZ3 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
SYNE3Q6ZMZ3 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.2 ms