Protein–RNA interactions for Protein: Q53F19

NCBP3, Nuclear cap-binding protein subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 620 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NCBP3Q53F19 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC29.13■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC29.13■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC29.13■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC29.13■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC29.13■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC29.13■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC29.12■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC29.12■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC29.12■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC29.11■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC29.11■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC29.1■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC29.1■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.09■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 AC107419.1-202ENST00000608735 1081 ntTSL 3 BASIC29.09■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC29.09■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 AC098799.1-201ENST00000504752 800 ntBASIC29.08■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
NCBP3Q53F19 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC29.07■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC29.07■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC29.07■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC29.06■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC29.06■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC29.06■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC29.06■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC29.06■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC29.06■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC29.06■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC29.05■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.05■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC29.04■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.04■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.03■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.03■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC29.03■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC29.03■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC29.02■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.3 ms