Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC18.81■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC18.8■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC18.79■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC18.78■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC18.78■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC18.78■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC18.77■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC18.77■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC18.77■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
HOXA4Q00056 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC18.77■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXA4Q00056 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.8 ms