Protein–RNA interactions for Protein: P48059

LIMS1, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 325 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1P48059 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC20.4■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC20.4■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC20.39■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC20.39■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIMS1P48059 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.9 ms