Protein–RNA interactions for Protein: P13611

VCAN, Versican core protein, humanhuman

Predictions only

Length 3,396 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VCANP13611 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
VCANP13611 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VCANP13611 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VCANP13611 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VCANP13611 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VCANP13611 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VCANP13611 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VCANP13611 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VCANP13611 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VCANP13611 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VCANP13611 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VCANP13611 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VCANP13611 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VCANP13611 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VCANP13611 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VCANP13611 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VCANP13611 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VCANP13611 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VCANP13611 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VCANP13611 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VCANP13611 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VCANP13611 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VCANP13611 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VCANP13611 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VCANP13611 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VCANP13611 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VCANP13611 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VCANP13611 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VCANP13611 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VCANP13611 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VCANP13611 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VCANP13611 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VCANP13611 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
VCANP13611 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC23.33■■□□□ 1.32
VCANP13611 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
VCANP13611 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VCANP13611 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
VCANP13611 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VCANP13611 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VCANP13611 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
VCANP13611 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VCANP13611 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VCANP13611 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VCANP13611 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
VCANP13611 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VCANP13611 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VCANP13611 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VCANP13611 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VCANP13611 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VCANP13611 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VCANP13611 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VCANP13611 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VCANP13611 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VCANP13611 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VCANP13611 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VCANP13611 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VCANP13611 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VCANP13611 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VCANP13611 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VCANP13611 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VCANP13611 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VCANP13611 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
VCANP13611 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VCANP13611 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VCANP13611 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VCANP13611 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
VCANP13611 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VCANP13611 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VCANP13611 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VCANP13611 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
VCANP13611 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VCANP13611 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VCANP13611 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VCANP13611 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VCANP13611 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VCANP13611 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
VCANP13611 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VCANP13611 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VCANP13611 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
VCANP13611 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VCANP13611 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VCANP13611 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VCANP13611 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
VCANP13611 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VCANP13611 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
VCANP13611 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
VCANP13611 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VCANP13611 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VCANP13611 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VCANP13611 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VCANP13611 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VCANP13611 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VCANP13611 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VCANP13611 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VCANP13611 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VCANP13611 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VCANP13611 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VCANP13611 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VCANP13611 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VCANP13611 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19 ms