Protein–RNA interactions for Protein: Q70CQ1

USP49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, humanhuman

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Length 688 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP49Q70CQ1 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC25.14■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
USP49Q70CQ1 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
USP49Q70CQ1 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
USP49Q70CQ1 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
USP49Q70CQ1 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
USP49Q70CQ1 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC25.14■■□□□ 1.61
USP49Q70CQ1 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC25.14■■□□□ 1.61
USP49Q70CQ1 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
USP49Q70CQ1 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
USP49Q70CQ1 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
USP49Q70CQ1 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP49Q70CQ1 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP49Q70CQ1 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP49Q70CQ1 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP49Q70CQ1 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP49Q70CQ1 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP49Q70CQ1 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP49Q70CQ1 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP49Q70CQ1 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP49Q70CQ1 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP49Q70CQ1 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP49Q70CQ1 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP49Q70CQ1 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP49Q70CQ1 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
USP49Q70CQ1 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP49Q70CQ1 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP49Q70CQ1 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP49Q70CQ1 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP49Q70CQ1 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP49Q70CQ1 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP49Q70CQ1 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP49Q70CQ1 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP49Q70CQ1 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP49Q70CQ1 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP49Q70CQ1 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
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