Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC26.92■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC26.92■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC26.9■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC26.89■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC26.88■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC26.87■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC26.85■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.85■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC26.84■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC26.84■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC26.83■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
VPS53Q5VIR6 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC26.82■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC26.81■■□□□ 1.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.1 ms