Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

Predictions only

Length 963 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP4Q13107 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP4Q13107 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP4Q13107 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP4Q13107 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP4Q13107 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP4Q13107 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP4Q13107 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP4Q13107 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP4Q13107 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP4Q13107 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP4Q13107 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP4Q13107 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP4Q13107 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP4Q13107 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP4Q13107 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP4Q13107 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
USP4Q13107 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP4Q13107 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
USP4Q13107 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
USP4Q13107 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP4Q13107 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP4Q13107 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP4Q13107 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP4Q13107 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP4Q13107 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP4Q13107 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP4Q13107 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP4Q13107 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP4Q13107 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP4Q13107 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP4Q13107 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP4Q13107 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP4Q13107 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP4Q13107 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP4Q13107 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP4Q13107 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
USP4Q13107 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP4Q13107 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP4Q13107 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP4Q13107 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP4Q13107 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP4Q13107 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP4Q13107 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP4Q13107 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP4Q13107 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP4Q13107 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP4Q13107 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP4Q13107 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP4Q13107 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP4Q13107 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP4Q13107 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP4Q13107 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP4Q13107 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP4Q13107 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP4Q13107 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
USP4Q13107 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP4Q13107 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP4Q13107 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP4Q13107 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP4Q13107 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP4Q13107 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP4Q13107 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP4Q13107 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP4Q13107 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP4Q13107 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP4Q13107 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP4Q13107 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP4Q13107 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP4Q13107 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP4Q13107 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
USP4Q13107 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP4Q13107 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP4Q13107 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP4Q13107 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP4Q13107 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP4Q13107 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP4Q13107 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP4Q13107 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP4Q13107 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP4Q13107 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP4Q13107 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP4Q13107 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP4Q13107 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
USP4Q13107 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP4Q13107 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP4Q13107 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP4Q13107 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP4Q13107 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP4Q13107 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP4Q13107 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP4Q13107 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP4Q13107 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP4Q13107 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP4Q13107 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
USP4Q13107 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP4Q13107 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP4Q13107 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP4Q13107 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP4Q13107 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.5 ms