Protein–RNA interactions for Protein: Q13099

IFT88, Intraflagellar transport protein 88 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 833 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
IFT88Q13099 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC22.55■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
IFT88Q13099 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC22.51■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
IFT88Q13099 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 132.2 ms