Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC27.75■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC27.75■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.74■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC27.74■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC27.74■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC27.74■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC27.73■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC27.7■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC27.7■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC27.69■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC27.67■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC27.67■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.67■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC27.66■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC27.66■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
BRCA1P38398 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.6 ms