Protein–RNA interactions for Protein: P12110

COL6A2, Collagen alpha-2(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,019 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A2P12110 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A2P12110 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL6A2P12110 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19 ms