Protein–RNA interactions for Protein: Q8N3C7

CLIP4, CAP-Gly domain-containing linker protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 705 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP4Q8N3C7 SNED1-205ENST00000405547 7986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 PRPF4-201ENST00000374198 2787 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 NAA15-201ENST00000296543 6222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 MKL1-211ENST00000618196 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 TRMT61A-202ENST00000389749 3229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 HRC-201ENST00000252825 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 DHX30-201ENST00000348968 3994 ntTSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 CCNY-203ENST00000374704 3960 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 IL18BP-205ENST00000393705 1549 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 FAM96A-203ENST00000557835 1536 ntTSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 AC005394.2-201ENST00000592347 3113 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 LINC00963-203ENST00000423918 1654 ntTSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 CYB561D1-206ENST00000496961 3424 ntTSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 MEP1A-201ENST00000230588 2892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 LLGL1-203ENST00000621229 3187 ntTSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 SH3PXD2B-201ENST00000311601 7777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 ST5-256ENST00000534127 4545 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 ZNF689-201ENST00000287461 3547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 RANBP1-201ENST00000331821 837 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 SUPV3L1-201ENST00000359655 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 MS4A13-201ENST00000378185 808 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 GNRH2-204ENST00000380347 758 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 FAM221A-203ENST00000409653 761 ntTSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 FAM221A-204ENST00000409994 1136 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 BTBD6P1-201ENST00000412176 1267 ntBASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 SGK2-207ENST00000426287 1182 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 AC104073.2-201ENST00000453737 312 ntBASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 AC022182.2-201ENST00000525556 859 ntTSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 SNHG9-201ENST00000531523 275 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 ADIG-204ENST00000537425 770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 GOLGA8S-201ENST00000562295 1878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 NIP7-208ENST00000569637 1099 ntTSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 MIR6805-201ENST00000615055 62 ntBASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 AGPAT3-202ENST00000327505 3589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 AGPAT3-204ENST00000398061 3595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 PLA1A-205ENST00000494440 1775 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 TRIM3-203ENST00000525074 3044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 RAN-210ENST00000541630 1475 ntTSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 CDC20B-203ENST00000381375 2591 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 KRT17P5-202ENST00000444070 2552 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 PRR26-202ENST00000441152 2251 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 AOC4P-203ENST00000566825 2289 ntBASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 ABI1-213ENST00000536334 3380 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 CLIC4-201ENST00000374379 4346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 CYP26B1-205ENST00000546307 4331 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 MCPH1-AS1-201ENST00000515608 2147 ntTSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 APOBEC3D-202ENST00000427494 1961 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 SIAE-206ENST00000618733 1980 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 LRRFIP1-202ENST00000289175 3709 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 STK26-204ENST00000481105 1835 ntTSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 C1orf167-202ENST00000433342 4545 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 SLC38A6-201ENST00000267488 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 PER1-202ENST00000354903 3115 ntTSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 STX3-207ENST00000633708 3111 ntTSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 ESPNL-202ENST00000409169 4441 ntTSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 ATXN2L-225ENST00000570200 3635 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 POLR3K-201ENST00000293860 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 ACP2-212ENST00000533929 1366 ntTSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 AL772337.1-201ENST00000399186 2014 ntTSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 AC012531.1-201ENST00000562848 2680 ntBASIC13.08□□□□□ -0.31
CLIP4Q8N3C7 LINC00665-206ENST00000590622 1749 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 UAP1L1-201ENST00000360271 3201 ntTSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 ARHGAP33-204ENST00000378944 4219 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 ZNF426-204ENST00000593003 2402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 BRMS1-201ENST00000359957 1445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 BARX1-AS1-201ENST00000453045 1445 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 LINC01815-202ENST00000641468 1409 ntBASIC13.08□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 AC092143.1-201ENST00000556922 2776 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 C19orf33-201ENST00000301246 467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 LCMT1-202ENST00000380966 989 ntTSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 CD300A-204ENST00000392625 1163 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 SF3B1-204ENST00000414963 651 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 LINC00441-201ENST00000433480 1143 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 RNASEH1-AS1-202ENST00000438436 1218 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 FKBP11-202ENST00000444214 630 ntTSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 IGHV4-4-201ENST00000455737 417 ntAPPRIS P1 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 RAB3A-202ENST00000464076 1253 ntTSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 S100A6-205ENST00000496817 673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 FAM86HP-204ENST00000513466 959 ntBASIC13.08□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 LINC02332-201ENST00000557232 386 ntTSL 3 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 AC025259.3-202ENST00000564363 687 ntTSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 AC007861.2-201ENST00000573819 571 ntTSL 4 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 AC011479.1-202ENST00000591889 528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 HIC2-203ENST00000443632 6940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 HMGCL-203ENST00000374490 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 LIMS2-206ENST00000409754 1620 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 MYCBP-201ENST00000397572 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 CATSPERE-202ENST00000366533 3019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 CCT3-204ENST00000368259 1815 ntTSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 DUOX2-201ENST00000389039 6533 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 KLK11-207ENST00000594768 1347 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 PEG10-205ENST00000612748 2585 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 SLC43A3-214ENST00000529554 2207 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 HOTTIP-203ENST00000521028 3345 ntTSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 TCAF2-205ENST00000444908 2976 ntTSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 ZNF263-202ENST00000538765 1721 ntTSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 ILF3-201ENST00000250241 3035 ntTSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 TJAP1-204ENST00000372449 2695 ntTSL 5 BASIC13.07□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 TJAP1-205ENST00000372452 2665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.07□□□□□ -0.32
CLIP4Q8N3C7 DGKZ-216ENST00000528615 2692 ntTSL 5 BASIC13.07□□□□□ -0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.3 ms