Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 LINC01184-204ENST00000501702 2977 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 IQCE-216ENST00000611775 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 SHMT1P1-201ENST00000419974 1312 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 QRICH1-202ENST00000395443 3549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 TAF8-203ENST00000372982 1805 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 CICP16-201ENST00000502609 2813 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AL805961.2-201ENST00000642139 4817 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 NOX5-201ENST00000260364 8592 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 XPR1-201ENST00000367589 4126 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 MPP2-214ENST00000523501 2121 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 ZC3HAV1-204ENST00000471652 3182 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 LRRC41-201ENST00000343304 2947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 ZNF256-201ENST00000282308 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 EPHB3-201ENST00000330394 4236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 ELN-203ENST00000320492 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 RGS22-201ENST00000360863 4296 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 GSTM4-204ENST00000369836 1412 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 BARX1-AS1-201ENST00000453045 1445 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 CYB561-201ENST00000360793 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 SLC6A10P-201ENST00000330048 3846 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AC005523.2-201ENST00000601192 3568 ntTSL 4 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 ANKRD30B-202ENST00000358984 4359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 STIM1-220ENST00000616714 4356 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 BMF-201ENST00000354670 4687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 SLC20A2-207ENST00000520179 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 RHD-209ENST00000568195 1467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 VWCE-202ENST00000335613 3640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 NRDC-201ENST00000352171 3691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 HERPUD1-203ENST00000379792 1782 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 SLC13A5-203ENST00000433363 3435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AMOTL2-212ENST00000514516 4521 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 ATCAY-201ENST00000450849 5070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 NEU3-201ENST00000294064 6728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AP2A2-202ENST00000448903 4575 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 CNBP-205ENST00000500450 1516 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AP001062.1-201ENST00000448927 4354 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 CCL19-201ENST00000311925 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 LY6G6E-227ENST00000409239 776 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 TPRKB-203ENST00000409716 816 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 MIATNB-206ENST00000444388 918 ntTSL 3 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AC006529.1-201ENST00000459978 637 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AADACL2-AS1-202ENST00000483843 628 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 TNFSF13B-206ENST00000542136 495 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AC026310.2-201ENST00000546353 728 ntTSL 4 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AC013553.1-201ENST00000560906 267 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AC023825.2-201ENST00000562970 672 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AC132825.4-202ENST00000578792 434 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 SNHG15-205ENST00000580458 710 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 HKR1-225ENST00000592168 566 ntTSL 4 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 OCEL1-206ENST00000597836 1044 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AC012073.1-201ENST00000606114 1108 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AL009176.1-201ENST00000607876 650 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 BLACE-202ENST00000616210 540 ntAPPRIS P1 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 HOXA3-201ENST00000317201 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 DSCAM-AS1-202ENST00000427451 1640 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 RNF167-201ENST00000262482 1915 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 ABAT-215ENST00000569156 1911 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 DLGAP1-201ENST00000315677 6683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 HTR3A-206ENST00000506841 2221 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 CYP1A1-210ENST00000617691 2521 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 CNOT10-201ENST00000328834 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 WARS2-202ENST00000369426 2811 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 MPP2-219ENST00000612133 4938 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 CPNE2-204ENST00000565874 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 NIPA1-207ENST00000561183 1675 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 UPK1A-203ENST00000616789 1366 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 ASGR1-209ENST00000619926 1384 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 TATDN3-201ENST00000366973 2321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 DLX6-202ENST00000518156 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 DBNDD1-203ENST00000392973 2689 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 LMBRD2-201ENST00000296603 8185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 ZNF133-203ENST00000377671 2701 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 SPOCK2-201ENST00000317376 5328 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 ATAT1-206ENST00000376485 1476 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AC004554.1-201ENST00000422830 1468 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 MCC-202ENST00000408903 3476 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 CA10-203ENST00000451037 3189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 CEP131-202ENST00000374782 3505 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 PHB-210ENST00000511832 1509 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 LUC7L2-208ENST00000541170 1525 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 TTC13-201ENST00000366661 3253 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 TPD52L2-202ENST00000346249 2297 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 SNX14-202ENST00000346348 3348 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 SC5D-202ENST00000392789 2258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 MCM3AP-AS1-203ENST00000421927 2280 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AL139158.3-201ENST00000641212 1562 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP21-217ENST00000612832 5514 ntTSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 C8orf49-201ENST00000525043 1968 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 ILDR1-205ENST00000462014 1612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 PGAM2-201ENST00000297283 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 PKIG-201ENST00000349959 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 TPM3-211ENST00000368531 1115 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 CUTA-203ENST00000374500 937 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 TRBV7-3-201ENST00000390361 397 ntAPPRIS P1 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AL391839.2-201ENST00000412085 383 ntTSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 RPL3P2-204ENST00000413027 1203 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 IDS-203ENST00000428056 1213 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 KRT17P4-201ENST00000429445 819 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 TCERG1L-AS1-201ENST00000436942 472 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AL135901.1-201ENST00000451812 333 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.3 ms