Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
HIF3AQ9Y2N7 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.3 ms