Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC3Q9BQI4 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC21.83■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC21.83■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC3Q9BQI4 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC3Q9BQI4 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.6 ms