Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC25.93■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC25.92■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC25.91■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC25.89■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC25.89■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC25.89■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC25.88■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC25.87■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC25.84■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
TRERF1Q96PN7 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.2 ms