Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
VPS39Q96JC1 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS39Q96JC1 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC22.33■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS39Q96JC1 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.6 ms