Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC22.83■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SKA1Q96BD8 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.9 ms