Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.3 ms