Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC18.94■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC18.94■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC18.92■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
HOXA4Q00056 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.1 ms