Protein–RNA interactions for Protein: P67936

TPM4, Tropomyosin alpha-4 chain, humanhuman

Predictions only

Length 248 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TPM4P67936 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
TPM4P67936 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
TPM4P67936 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
TPM4P67936 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
TPM4P67936 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
TPM4P67936 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
TPM4P67936 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
TPM4P67936 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
TPM4P67936 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
TPM4P67936 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
TPM4P67936 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
TPM4P67936 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
TPM4P67936 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
TPM4P67936 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
TPM4P67936 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
TPM4P67936 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
TPM4P67936 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
TPM4P67936 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
TPM4P67936 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
TPM4P67936 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
TPM4P67936 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
TPM4P67936 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
TPM4P67936 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
TPM4P67936 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
TPM4P67936 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
TPM4P67936 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
TPM4P67936 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
TPM4P67936 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
TPM4P67936 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
TPM4P67936 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
TPM4P67936 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
TPM4P67936 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
TPM4P67936 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
TPM4P67936 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
TPM4P67936 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
TPM4P67936 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
TPM4P67936 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
TPM4P67936 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
TPM4P67936 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
TPM4P67936 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
TPM4P67936 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
TPM4P67936 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
TPM4P67936 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
TPM4P67936 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
TPM4P67936 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
TPM4P67936 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
TPM4P67936 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
TPM4P67936 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
TPM4P67936 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
TPM4P67936 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
TPM4P67936 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
TPM4P67936 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
TPM4P67936 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC24.98■■□□□ 1.59
TPM4P67936 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
TPM4P67936 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
TPM4P67936 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
TPM4P67936 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
TPM4P67936 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
TPM4P67936 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
TPM4P67936 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
TPM4P67936 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
TPM4P67936 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
TPM4P67936 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
TPM4P67936 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
TPM4P67936 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
TPM4P67936 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
TPM4P67936 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
TPM4P67936 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC24.96■■□□□ 1.59
TPM4P67936 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
TPM4P67936 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
TPM4P67936 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
TPM4P67936 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
TPM4P67936 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
TPM4P67936 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.59
TPM4P67936 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
TPM4P67936 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
TPM4P67936 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
TPM4P67936 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
TPM4P67936 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
TPM4P67936 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
TPM4P67936 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
TPM4P67936 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
TPM4P67936 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
TPM4P67936 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
TPM4P67936 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
TPM4P67936 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
TPM4P67936 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
TPM4P67936 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
TPM4P67936 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
TPM4P67936 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
TPM4P67936 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
TPM4P67936 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
TPM4P67936 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
TPM4P67936 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
TPM4P67936 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
TPM4P67936 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
TPM4P67936 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
TPM4P67936 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
TPM4P67936 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
TPM4P67936 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.4 ms